Shqiponja dykrenare është përdorur si simbol pushteti dhe dokumentohet se është përdorur për herë të parë nga perandori Kostandin dhe më pas u bë traditë vendëse në të gjithë Ballkanin. U përdor edhe nga Skënderbeu, për të treguar se ishte përfaqësues i sundimit paraosman. Kush është rrjedha historike? Profesor Kasem Biçaku tregon: Në lashtësi ka qenë shumë i përhapur totemizmi (lloj besimi që adhuronte kafshët dhe shpendët, duke i konsideruar si mbrojtës dhe themelues të njerëzimit). Shqiponja është konsideruar si bashkudhëtare e perëndive dhe vetë perëndi. Ajo dhe luani janë konsideruar kudo si mbretër, përkatësisht të shpendëve dhe të kafshëve, për këtë arsye figura e shqiponjës dhe luanit janë më përfaqësueset në heraldikat (stemat, shenjat) e vjetra. Shqiponja është simbol pushteti, guximi dhe lartësimi shpirtëror. Ka qenë simbol pushteti perandorak, prandaj është dhe në heraldikat e shumë vendeve.
Shqiponja me dy krerë është përdorur si simbol që në shekullin VII para erës sonë në Turkmenistan. Shqiponja e zezë me një kokë është përdorur si simbol në perandorinë romake dhe me përhapjen e Krishtërimit u përdor edhe nga kisha katolike.
Shqiponja dykrenare është përdorur për herë të parë nga perandori me origjinë iliro-shqiptare, Kostandini (306-337), themelues i Kostandinopojës, duke i krijuar perandorisë romake dy qendra administrative; Romën dhe Kostandinopojën dhe shqiponja simbolizonte keto dy vende. Gjatë sundimit të perandorit iliro-shqiptar Justiniani I (527-565) u bë bashkimi i dy kishave dhe si simbol i përbashkët kishtar u bë shqiponja dykrenare, prandaj gjendet si simbol nëpër kishat mesjetare të Shqipërisë dhe Ballkanit. Në shekullin XX në Perandorinë Bizantine shqiponja dykrenare shfaqet me krahë gjysmë të hapur dhe vazhdoi të shfaqej ashtu.
Në Shqipëri, si simbol pushteti, shqiponjën e kanë përdorur familjet sundimtare shqiptare të mesjetës si Kastriotët, Arianitët, Muzakajt, Topiajt, Gjurashët, po ashtu edhe Çernojoviçët e Malit të Zi. Duke përdorur shqiponjën si simbol të pushtetit të tyre, dëshmohet se këto familje kanë qenë funksionare të larta gjatë Perandorisë Bizantine.
Me shembjen e Perandorisë Bizantine në vitin 1453, shohim që nga Skenderbeu u përdor edhe ngjyra e flamurit të Bizantit dhe me këtë donte të tregonte se ishte vazhdues i pushtetit paraosman, megjithëse i bëri dallime qoftë stemës dhe flamurit, për ta dalluar nga ai i Bizantit. Në vulën e Skënderbeut, ku është shqiponja dykrenare, ndërmjet dy krerëve të saj është vendosur një yll me 6 cepa. Mbi këtë yll është një yll tjetër me 8 rreze.
Kurse në stemën e Kastriotëve që është gdhendur 2 herë në varrin monumental të nipit të Skënderbeut, Kostandin Kastrioti, ylli është me 8 cepa dhe mbi krerët e shqiponjës janë dy kurora mbretërore. Me këto simbole Skënderbeu tregonte pretendimin se kishin prejardhje nga Aleksandri i Madh, gjë që e kemi të shprehur në epigrafin e Alfonsit në një kishë të Valencias në Spanjë. Pra shqiponja dykrenare është përdorur masivisht nga sundimtarët si simbol pushteti dhe mund të konsiderohet traditë romako- bizantine.
Gjatë kohës së Rilindjes, aktivistët e saj të të gjitha feve e grupeve punonin dhe vepronin nën hijen e këtij flamuri edhe pse ai nuk ishte i standardizuar deri në kohën e krijimit të shtetit të parë shqiptar. Me kthimin e Ismail Qemailit në Vlorë, dhe krijimin e shtetit të parë të shqiptarëve bëhet edhe standarizimi i flamurit kombëtar shqiptar i cili ishte gjithashtu edhe flamuri shtetëror i qeverisë së parë të Shqipërisë. Ky flamur llogaritet si një ndër elementët kryesore të kombit të tyre. Në Shqipëri dhe Kosovë janë bërë disa ndryshime të flamurit kombëtar dhe janë përdour si flamuj shtetëror apo administrativ nga qeveri e sisteme të ndryshme. Ndër ndryshimet e bëra nga shqiptarët kanë qenë ndryshimet që i janë bërë shqiponjës në nivel kombëtar, ndërsa ndryshimet tjera kanë humbur diku në histori si ndryshimet qeveritare, partiake, lokale etj.