Për shumë vite shumica dërrmuese e akademikëve kanë supozuar se E-V13 dhe linjat e tjera E1b1b erdhën në Ballkan nga Levanti jugor nëpërmjet Anadollit gjatë kohës së neolitit dhe se frekuenca e lartë e E-V13 ishte shkaktuar nga një efekt fonditor/themelues midis kolonizatorëve .
Kjo teori ka atë që njerëzit E1b1b u asocuan me zhvillimin e stilit të jetesës neolitike dhe ardhjen e bujqësisë Pjellore dhe përhapjen e saj më të hershme në Evropën Juglindore (thesalian neolitik) dhe Evropën e Mesdheut (kulturën Cardium Pottery ). Testimi i ADN-së së lashtë nga kultura Natufiane (Mesolithic Levant) dhe Levanti neolitik para-qeramike konfirmuan një incidencë të lartë të haplogroupit E1b1b në atë rajon. Megjithatë, nga 69 mostra të Y-DNA të testuara nga Europa Neolitike, vetëm dy i përkisnin atij haplogroupi: një E-M78 nga kultura e Sopotit në Hungari (5000-4800 pes), një tjetër E-M78 (rreth vitit 5000 pes) E-V13, nga Spanja veri-lindje, dhe një E-L618 nga shpella Zemunica pranë Splitit në Kroaci nga viti 5500 pes (Fernandes et al., 2016). Nëse këto mostra E-M78 erdhën me fermerë neolitikë nga Lindja e Afërt ose ishin tashmë të pranishme mes evropianëve mesolithik, është e paqartë për momentin. Por në çdo rast E-V13 definitivisht nuk ishte linja e madhe europiane neolitike që dikur ishte pretenduar të ishte.
Në ditët e sotme, E-V13 është i vetmi haplogroup mesdhetar i gjetur vazhdimisht në të gjithë Evropën, madje edhe në Norvegji, Suedi, Finlandë dhe vendet baltike, të cilat shquhen nga mungesa e haplogrojeve të tjera neolitike si G2a (Bar Indo-Europiane G2a-Z1815) T (përveç në Estoni). Sidoqoftë, meqë G2a është e vetmja linjë që u gjet vazhdimisht në të gjitha vendet neolitike të testuara deri më sot në Evropë, mungesa e linjës G2a neolitike nga Skandinavia dhe Balltiku nënkupton që asnjë prejardhja neolitike nuk mbijetoi aty, dhe rrjedhimisht E-V13 nuk daton nga neolitiku në rajon.
Në fakt, është llogaritur se E-V13 doli nga E-M78 rreth 7.800 vjet më parë, kur fermerët neolitikë po përparonin në Ballkan dhe basenin e Danubit. Për më tepër, të gjithë anëtarët modernë të E-V13 vijnë nga një paraardhës i përbashkët i cili jetonte përafërsisht 5,500 vjet më parë, dhe të gjithë prej tyre gjithashtu zbresin nga një paraardhës i zakonshëm më vonë që mbante mutacionin CTS5856. Ai paraardhës do të kishte jetuar rreth 4,100 vjet më parë, gjatë Epokës së Bronzit. Pothuajse menjëherë pas kësaj, CTS5856 u nda në gjashtë nënklada, pastaj u degradua në më shumë nënklada në hapësirën e disa gjeneratave. Në vetëm disa shekuj, ajo linja shumë e vogël E-V13 kishte filluar një proces zgjerimi që do ta shndërronte në një prej prejardhjeve më të përhapura të Evropës dhe do të shkonte përtej kufijve të vetë Evropës, gjithashtu duke u përhapur në skajin lindor të Mesdheut, Kaukaz, Kurdistan, Iran, madje edhe Siberi …